千年古刹庆云禅寺位于泰兴古城庆佑铺，始建于北宋咸平二年（999）。历经元朝泰兴人氏蔡梦祥（驸马）舍宅增广，明清两代多次扩建，遂成规模宏大、盛名达于两淮三江的禅宗名寺；后又历经民国、抗日、解放战争、“十年文革”等天灾人祸，禅门式微，荒废遗弃。改革开放后，宗教政策的落实推动了庆云禅寺的恢复发展。

1988年10月，泰兴市征用宝塔湾，迁城隍庙大殿，移广福律寺藏经楼，扩建明代法轮庵，重建庆云禅寺。1990年12月，江苏省人民政府准许庆云禅寺对外开放；1994年重新修缮清初法轮古塔；1995年6月8日举行佛像开光暨法轮塔修建落成典礼；1999年10月举行庆云禅寺建寺1000周年庆典仪式。

2004年11月起，泰兴市组织实施增扩规划，新建了山门楼、放生池、天王殿、钟楼、鼓楼、大雄宝殿、侧殿、宾客楼、接引堂等，至目前庆云禅寺占地120余亩。2010年8月专程从释迦牟尼佛诞生地蓝毗尼园恭请了佛陀圣火。星云大师2015年5月亲笔为大雄宝殿和佛光塔书写匾额，并于同年10月与全国近百名高僧大德一道法驾庆云禅寺“大雄宝殿落成佛像开光暨仁进法师升座”典礼，共襄盛典。